Agées de trois mois, les meules rejoignent les caves d'affinages. Fromage Gruyère SA noue des contacts étroits avec ses fromagers. Le dialogue fait partie intégrante de la collaboration. Dans les caves de Fromage Gruyère SA, les meules ne quitteront plus cet environnement jusqu'à leur mise sur le marché. Le maître-affineur entre alors en scène.
Un seul mot pour qualifier les activités de Fromage Gruyère SA : qualité et affinage de Gruyère AOP uniquement. Et pour atteindre cette qualité irréprochable, les gestes quotidiens du maître-affineur se veulent dans l'esprit de la tradition, mais aussi des normes d'hygiène strictes en vigueur. Fromage Gruyère SA est le premier commerce de fromage de Gruyère AOP à être labellisé de la norme ISO 22000 FSSC.
Fromage Gruyère SA se distingue de travailler avec des fromages AOP essentiellement. Avec l'AOP, tous les acteurs, le producteur de lait, le fromager et l'affineur s'engagent à fournir un produit de qualité.
Des contrôles réguliers sont menés par l'Interprofession du Gruyère, association faîtière du Gruyère AOP, afin de s'assurer du respect du cahier des charges. L'Interprofession du Gruyère vient également tous les mois taxer les Gruyère AOP qui ont atteint leurs cinq mois, et détermine de leur qualité.